La fundación de la Universidad Nacional de Trujillo se remonta al inicio de nuestra Epoca Republicana. Fue el General Simón Bolivar, el Libertador de América, quien expide en su cuartel general de Huamachuco el Decreto de Fundación el 10 de Mayo de 1824. Influenció mucho en ello, el entonces Secretario General de la Nación, el Tribuno don José Faustino Sánchez Carrión.
El primer Rector fue Don Carlos Pedemonte y Talavera y su instalación ocurre el 22 de Octubre de 1831 en ceremonia realizada en la capilla interior del Colegio Seminario de San Carlos y San Marcelo prestando el juramento respectivo el Dr. Pedro José Soto y Velarde, Vicerrector encargado del Rectorado en ausencia del titular, el Doctor Tomás Dieguez de Florencia, entonces Senador de la República.
El 23 de Noviembre de 1831, el Supremo Gobierno nombró como patronos de la Universidad a Santo Tomás y Santa Rosa de Lima. Inició su funcionamiento en el local del Colegio "El Salvador" fundado por el Obispo de Trujillo Don Marcelo Corne. Las primeras cátedras establecidas fueron: Teología Dogmática y Mora, Cánones y Leyes; Anatomía y Medicina; Filosofía y Matemáticas. En los primeros años, sus actividades académicas se rigieron por la Constitución de la Universidad Nacional de San Marcos de Lima, habiéndose dejado en libertad para que el Claustro adopte los reglamentos mas convenientes.
Los primeros grados académicos otorgados por la U.N.T. fueron los de Bachiller, Maestro y Doctor en Leyes y Sagrados Cánones. Adopta el sistema de Facultades a partir del año 1861. Situaciones económicas adversas en el país así como su espíritu libertario le ocasionaron dos sendos recesos que interrumpieron su labor académica y administrativa.
Entre sus hijos preclaros figura el vate universal César Abraham Vallejo Mendoza, así como Antenor Orrego Espinoza quien, además, fue uno de sus rectores. En la actualidad se rige por la Ley 23733, y está organizada en base a Facultades y Departamentos Académicos.
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